自然環境保全地域の中の海面・海中で指定される地区（自然環境保全法第27条）。

海中特別地区では、建築物の建築、工作物の建築、宅地造成、海底の形状変更、土石採取、環境大臣が指定する熱帯魚・珊瑚等の捕獲、物の係留について、環境大臣の許可が必要である。